Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11452/31785
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorHeidari, Parviz-
dc.contributor.authorAhmadizadeh, Mostafa-
dc.contributor.authorZarrini, Hamid Najafi-
dc.date.accessioned2021-03-10T13:30:19Z-
dc.date.accessioned2023-03-27T11:45:51Z-
dc.date.available2021-03-10T13:30:19Z-
dc.date.available2023-03-27T11:45:51Z-
dc.date.issued2015-04-07-
dc.identifier.citationHeidari, P. vd. (2015). "In silico analysis of cis-regulatory elements on co-expressed genes". Journal of Biological and Environmental Sciences, 9(25), 1-9.tr_TR
dc.identifier.issn1307-9530-
dc.identifier.issn1308-2019-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11452/31785-
dc.description.abstractCis-regulatory elements (CREs) are regions of non-coding DNA that regulate the transcription of nearby genes. CREs typically regulate gene transcription by functioning as binding sites for transcription factors. Publicly available database of co-expressed gene sets would be valuable tools for a wide variety of experimental designs, including targeting of genes for functional identification or for regulatory investigation. The study of CREs effect on expression can improve our understanding of co-expression genes and gene networks. In present study we compared the correlation between expression and CREs in co-expression genes with LTP5 by using the Genevestigator database that provides co-expressed genes deduced from microarray data, and SCOPE that uses to find CRDs in 800bp of upstream of the DNA sequences of co-expression genes. The result revealed that three motifs (TGSCAB, ATWTGYMG and CBTATC) of PRISM algorithm, GCCAC motif of BEAM and ATTGNVANNYGG motif of SPACER algorithm distribute in promoter of co-expressed genes and LUX transcription factor was identified by UniPROB database. We present here a new comparison method for detecting key cis-regulatory elements that effect on co-expressed genes to find a relation to clarify the function and regulation of particular genes and gene networks under stress conditions.en_US
dc.description.abstractCis-düzenleyici öğeler (CRE), komşu genlerin transkripsiyonunu düzenleyen kodlanmayan DNA’nın bölgeleridir. CRE’ler tipik olarak transkripsiyon faktörlerinde bağlantı noktaları işlevi görerek gen transkripsiyonunu düzenler. Erişilebilir bir koekspres gen veritabanının bulunması bir çok deneysel tasarım için değerli bir araç olacaktır. CRE’lerin ekspressiyon üzerindeki etkileri ile ilgili yapılan çalışmalar, gen koekspresyonu ve gen ağını anlamamızı kolaylaştırır. Bu çalışmada, ekspresyonlar arasındaki korelasyonlar ile koekspres LTP5’li genlerde bulunan CRE’ler, Genevestigator veritabanı kullanılarak karşılaştırılmıştır. Sonuçlar incelendiğinde PRISM algoritmasının üç motifi (TGSCAB, ATWTGYMG ve CBTATC), BEAM algoritmasının GCCAC motifi ve SPACER algoritmasının ATTGNVANNYGG motifinin koekspres genlerin promotörü içerisinde dağıldığı ve UniPROB veritabanı ile LUX transkripsiyon faktörünün tespit edildiği görülmüştür. Bu çalışma ile koekspres genleri etkileyen önemli cis-düzenleyici öğeler ile bazı genlerin düzenlenmesi ve strest koşulları altındaki gen ağıın tespiti üzerine yeni bir yöntem ortaya konmuştur.tr_TR
dc.language.isoenen
dc.publisherUludağ Üniversitesitr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.rightsAtıf 4.0 Uluslararasıtr_TR
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/*
dc.subjectCo-expressionen_US
dc.subjectStressen_US
dc.subjectGene networksen_US
dc.subjectKoekspresyonen_US
dc.subjectCis elementstr_TR
dc.subjectStrestr_TR
dc.subjectCis öğeleritr_TR
dc.subjectGen ağlarıtr_TR
dc.titleIn silico analysis of cis-regulatory elements on co-expressed genesen_US
dc.title.alternativeKoekspres genler üzerindeki cis-düzenleyici öğelerin in silico analizitr_TR
dc.typeArticleen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergitr_TR
dc.identifier.startpage1tr_TR
dc.identifier.endpage9tr_TR
dc.identifier.volume9tr_TR
dc.identifier.issue25tr_TR
dc.relation.journalJournal of Biological and Environmental Sciencestr_TR
Appears in Collections:2015 Cilt 9 Sayı 25

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
9_25_1.pdf653.28 kBAdobe PDFThumbnail
View/Open


This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons