Buğdayda toprak kaynaklı patojenlerin moleküler teknik kullanılarak tanımlanması

Abstract

Bu tez çalışmasında buğdayın kök ve sap kısımlarında meydana gelen göz lekesi hastalığı incelenmiştir. Sap kısmında meydana gelen en önemli hastalık, Oculimacula acuformis ve Oculimacula yallundae (daha önce W-tipi ve R-tipi olarak isimlendirilen) patojen türlerininin neden olduğu göz lekesi hastalığıdır. Agronomik faktörlerin (bir önceki ürün, kültivasyon metodları, toprak yapısı, fungisit uygulaması, ürün rotasyonu ve ekim zamanı) etkileri, buğdayda kök, 5 cm sap ve 10 cm sap kısımlarında oluşan göz lekesi hastalığının DNA konsantrasyonları ölçülerek incelenmiştir. Elli adet buğday arazisi 2012/13 sezonunda İngiltere genelinde araştırılmış ve her bir alandan rasgele seçilmiş kışlık buğdayları GS 21-31 (kardeşlenme dönemi), GS 37-45 (çiçeklenme dönemi) ve GS 65-77 (olgunluk dönemi) büyüme aşamalarında toplanmıştır. Bitkiden izole edilen O. yallundae ve O. acuformis türleri gerçek zamanlı PZR testleri kullanılarak DNA miktarları saptanmıştır. Çalışmadaki veri analizleri, bir önceki ürün ve büyüme aşamaları gibi agronomik faktörlerin hastalık oluşumunda büyük bir etkiye sahip olduğunu göstermiştir. Ancak, ekim zamanı ve GS 39-44 (T2) büyüme aşamasında fungisit uygulamaları gibi diğer faktörlerin istatistiksel olarak önemli bir etkiye sahip olmadığı saptanmıştır. Ayrıca, PZR sonuçları, O. acuformis türünün O. yallundae türünden daha baskın olduğunu göstermiştir. Göz lekesi hastalığında en yüksek DNA konsantrasyonları genelde GS 65-77 (olgunluk dönemi) büyüme aşamasında gözlemlenmiştir. Göz lekesi hastalığının DNA konsantasyonlarında bir önceki ürünün çok önemli bir etkisi olduğu ve bir önceki ürün kışlık buğdayı olduğunda göz lekesi hastalığında genel olarak artış olduğu gözlemlenmiştir. Göz lekesi hastalığının kontrolünde fungisit uygulamasının da önemli bir etkisi olduğu saptanmıştır. Sonuçlar, 'boscalid' fungisiti ve 'triazole' grubu fungisitlerinin göz lekesi hastalığının mücadele edilmesinde önemli olduğunu göstermiştir.

In this thesis, root and stem base diseases of winter wheat, eyespot is investigated. The most important disease of the stem base complex is eyespot, caused by Oculimacula acuformis and Oculimacula yallundae (previously known as W-type and R-type). This study looked at how agronomic conditions effect (i.e. previous cropping, cultivation method, previous crop, soil texture, fungicide treatment, crop rotation and sowing date) the concentrations of the eyespot DNA in roots, 5 cm stem and 10 cm stem of wheat. Fifty wheat fields were surveyed throughout England in 2012/13 season, in each field randomly selected winter wheat plants were collected at growth stages GS 21-31, GS 37-45 and GS 65-77 over a one hectare area. DNA concentrations of O. yallundae and O. acuformis in plants were quantified using real time PCR assays. Analysis of the data showed some factors such as previous crop and growth stage appeared to have a large influence on occurunce of the disease, but other factors such as sowing date, fungicide treatment at GS 39-44 (T2) were not statistically significant. PCR results indicated that O. acuformis was more predominant than O. yallundae. The greatest DNA concentrations on eyespot occurred at GS 65-77. Previous crop had a significant effect on concentration of eyespot DNA. When the previous crop was winter wheat (WW), there was increase in eyespot. Fungicide mixtures were found to significantly control eyespot. The results also showed that boscalid and triazole were important fungicides for controlling eyespot species.